Протозоoзите се причиняват от едноклетъчни паразити, които са сложно устроени еукариотни организми в резултат на дълга еволюция. Произлезли са от прокариотни предшественици (от рода на бактериите и синьозелените водорасли), с които имат значителен брой общи белези.
